セガの人気シリーズ『電脳戦機バーチャロン』と電撃文庫の『とある魔術の禁書目録』がコラボし、どちらのタイトルのファンも取り込んだ人気文庫作品『とある魔術の電脳戦機』のコミカライズ！
学園都市で人気の次世代競技『電脳戦機バーチャロン』。個人に与えられたポータブルデバイスを使って、能力者、無能力者を問わず、テクニックさえあれば誰もが対等に対戦できる、学園都市の生徒の間で爆発的に広まっている次世代競技である。すでにこの競技にハマっているインデックスとともに、上条当麻もバトルをはじめるのだが……!?